A közelmúltban befejezett csimpánz genom mellett az emberi faj kialakulásáról legbővebben a különböző hominid genomok árulkodhatnának - már ha léteznének. A fosszíliákból azonban csaknem lehetetlen komolyabb mennyiségű DNS-t izolálni, mert utóbbi egy elég törékeny molekula, amely az idő során elég nagy ütemben lebomlik (nem véletlen, hogy korábban már a neandervölgyi mitokondrium megszekvenálása is igen komoly fegyverténynek számított). A jelek szerint azonban mindezek nem vették el egy maroknyi kutató lelkesedését, akik - mint arról a BBC beszámol - megkísérlik megszekvenálni a teljes neandervölgyi genomot. Egyelőre egy millió bázispár környékén járnak - azaz a genom 0.03%-nál -, de néhány érdekesség már most is szembetűnik. A legfontosabb ezek közül talán az, hogy az emberi genom egyik legjellemzőbb kromoszómája, az Y kromoszóma, amely egyébként a csimpánz Y kromoszómától jobban különbözik, mint a két teljes genom átlagban egymástól, az eddigi eredmények szerint a neandervölgyi Y kromoszómától is jobban eltér, mint a két hominid genetikai állomány más részei. Amennyiben ez a megfigyelés megerősítést nyer, az végre pontot tehet annak a vitának a végére, hogy az Európába később érkező Homo sapiens és az ott már korábban megtelepedett Homo neanderthalis populációk között volt-e keveredés, vagy nagy agytérfogatú, de távoli rokonaink teljesen nyom nélkül tűntek-e el. A nagyfokú Y-kromoszóma különbség ugyanis egyértelműen arra utal, hogy ilyesfajta keveredés szinte egyáltalán nem történt, amit egyébként a korábbi mitokondriális összehasonlítási eredmények is alátámasztanak.

(Megj: Egy elméleti (és gyakorlatilag eldönthetetlen) probléma miatt azonban nem lehet azt kijelenteni, hogy egyáltalán nem történt szaporodás a két faj között: ugyanis nagyon kis mértékű keveredés esetén mára egész egyszerűen kihígulhatott az esetlegesen bekerült neandervölgyi mitokondriális DNS és Y-kromoszóma (ez pont két olyan DNS szakasz, ami csak az egyik szülői ágon öröklődik és nem rekombinálódik) az emberiség genetikai összállományából.)